Основная тема романа — развитие воли и независимости молодого человека, а также конфликт между благожелательным авторитетом и индивидуальной совестью. Эта тема встречается и в нескольких других романах Кристофера, например, в серии «Триподы», хотя авторитет далек от благожелательного. Однако в « Пещерах лотоса» важным аспектом этой темы является приглашение посвятить человеческую жизнь поклонению нечеловеческой силе, сравнимое с религиозной преданностью богу. Человеку-посвященному обещают своего рода бессмертие, но это также форма порабощения.